Для этого нужно воспользоваться утилитой PLink из комплекта популярного ssh-клиента PuTTY

plink -ssh user@hostname "echo -n \"This is my Linux: \"; uname -v"

Здесь: -ssh – используемый протокол, user@hostname имя Linux пользователя, с правами которого будет запущены команды, и имя компьютера.

При запуске нужно будет указать пароль пользователя user. Чтобы не вводить его каждый раз, можно воспользоваться ключом -pw.

Также PLink позволяет использовать сохраненные в PuTTY сессии

plink -ssh -load saved_session_name -l user "uptime"

PLink можно найти на странице загрузок PuTTY.